Définition
Un mardi matin, une grippe qui cloue au lit, et un médecin qui prescrit dix jours d'arrêt.
Chez un salarié, tout part alors tout seul : l'employeur reçoit son volet, la paie s'ajuste, les indemnités suivent.
En micro-entreprise, personne ne fait quoi que ce soit à votre place, et l'arrêt ne déclenche rien du tout tant que vous n'avez pas bougé.
L'arrêt maladie est un acte médical : un médecin constate que votre état de santé vous empêche de travailler et fixe une durée.
Ce document ne suspend ni votre entreprise, ni vos obligations : il ouvre seulement la possibilité d'être indemnisé. Deux choses se jouent donc en parallèle, et les confondre coûte cher.
D'un côté l'arrêt lui-même, à déclarer à votre caisse primaire d'assurance maladie.
De l'autre les Indemnités journalières, qui ne sont ni automatiques, ni proportionnelles à ce que vous factureriez la semaine d'après.
La Sécurité sociale des indépendants vous couvre pour la maladie depuis le même guichet que les salariés, avec des règles de calcul qui, elles, n'ont rien de commun.
Les démarches, dans l'ordre
Le médecin établit un avis d'arrêt de travail.
Le plus souvent il le télétransmet à votre caisse ; sinon, les volets qui lui sont destinés doivent lui parvenir dans le délai imprimé sur l'avis, et ce délai est court.
Le volet réservé à l'employeur n'a aucun destinataire quand on travaille pour soi : gardez-le avec vos documents.
Vous n'avez rien à envoyer à l'URSSAF, qui encaisse des cotisations mais ne verse aucune prestation, ni à votre banque, ni à vos clients.
Le suivi se fait ensuite depuis votre compte sur le site de l'Assurance maladie, avec les mêmes identifiants que pour vos remboursements de soins.
Deuxième obligation, celle que personne ne lit : pendant l'arrêt, l'activité doit réellement cesser.
Répondre à un appel d'offres, livrer une mission commencée, animer ses réseaux professionnels, c'est reprendre une activité que le médecin vient de juger impossible.
Un contrôle qui constate une activité pendant l'arrêt entraîne la suspension des indemnités et le remboursement de celles déjà versées. Une reprise partielle existe, le temps partiel thérapeutique, mais elle se prescrit et s'autorise à l'avance : elle ne se justifie pas après coup.
Ce que l'arrêt ne met pas en pause
L'entreprise, elle, continue d'exister.
La Déclaration de chiffre d'affaires reste due à chaque échéance, mensuelle ou trimestrielle, y compris à 0 € : un arrêt n'est pas une dispense de déclarer, et le retard se pénalise comme les autres.
Les Cotisations sociales, elles, sont proportionnelles à ce que vous encaissez : une échéance déclarée à 0 € ne coûte rien, et il n'y a aucune demande de suspension à déposer.
Attention en revanche à une facture émise avant l'arrêt et payée pendant : le régime micro raisonne sur les sommes encaissées, ce montant se déclare donc normalement, et il ne vaut pas travail effectué pendant l'arrêt.
La cotisation foncière des entreprises ne se met pas en pause non plus : elle reste due tant que l'activité existe, et seule une cessation en fait retirer les mois restants.
Son montant ne suit pas davantage votre année d'arrêt, puisque la cotisation minimum se calcule sur le chiffre d'affaires d'une année de référence antérieure, l'avant-dernière en général : une année creuse ne se lit sur votre avis que deux ans plus tard.
Et l'ouverture de vos droits suppose d'être à jour du paiement de vos cotisations, ce qui rend un impayé bien plus coûteux qu'une simple majoration de retard.
Chiffre d'affaires, revenu, indemnité : ce que la caisse regarde vraiment
C'est ici que naît la mauvaise surprise. Votre caisse n'indemnise pas un chiffre d'affaires, elle indemnise un revenu, et les deux n'ont presque rien à voir.
Le revenu retenu, c'est votre chiffre d'affaires diminué de l'Abattement forfaitaire de votre activité : en 2026, 34 % pour une activité libérale relevant des BNC, 50 % pour une prestation de services BIC, 71 % pour la vente de marchandises.
Ce sont les abattements fiscaux, ceux qui figurent sur votre déclaration de revenus, et la caisse les reprend pour reconstituer votre revenu ; quelques activités, les locations meublées en tête, ont un abattement social distinct du fiscal.
Sur 30 000 € encaissés en 2026, un prestataire libéral retranche 34 %, soit 19 800 € de revenu aux yeux de la Sécurité sociale ; un commerçant retranche 71 % et tombe à 8 700 €. Chiffre d'affaires identique, base d'indemnisation plus de deux fois inférieure pour le second.
Le prix de cette couverture dit le reste.
Sur 20 000 € encaissés en 2026, voici la part du forfait de cotisations qui finance les indemnités journalières, selon la répartition publiée par l'Urssaf pour 2026.
| Activité | Cotisations 2026 sur 20 000 € | Part indemnités journalières en 2026 | Soit |
|---|---|---|---|
| Vente de marchandises (BIC) | 12,3 %, soit 2 460 € | 1,25 % | 31 € |
| Prestations de services BIC | 21,2 %, soit 4 240 € | 1,25 % | 53 € |
| Activité libérale BNC du régime général | 25,6 %, soit 5 120 € | 1,50 % | 77 € |
| Profession libérale réglementée affiliée à la Cipav | 23,2 %, soit 4 640 € | 0,80 % | 37 € |
Quelques dizaines d'euros par an : voilà ce que coûte votre couverture arrêt de travail, et l'ordre de grandeur de ce qu'elle peut rendre. Ces pourcentages sont des parts du forfait payé, jamais des parts de votre chiffre d'affaires.
Et le taux global ne couvre ni la contribution à la formation professionnelle, ni la taxe de chambre consulaire, ni l'impôt sur le revenu, qui viennent en plus.
Cotiser ne suffit pas à être indemnisé.
Le droit suppose une durée d'affiliation minimale, un revenu annuel moyen supérieur à un plancher fixé par la réglementation, et un délai de carence pendant lequel rien n'est versé.
Sous ce plancher, le montant peut être nul : une première année à faible chiffre d'affaires laisse un arrêt maladie sans un euro d'indemnité.
C'est ce trou que vient combler une Prévoyance souscrite à titre individuel, et que la plupart des créateurs découvrent le jour où ils en ont besoin.
Questions fréquentes
Faut-il prévenir l'Urssaf de son arrêt maladie ?
Non. L'Urssaf encaisse vos cotisations et ne verse aucune prestation : l'arrêt se déclare à votre caisse primaire d'assurance maladie, qui décide seule de l'indemnisation.
Votre déclaration de chiffre d'affaires, elle, reste due à l'échéance habituelle, même si le montant à déclarer est de 0 €.
Peut-on répondre à ses clients pendant un arrêt maladie ?
Non, et c'est la faute la plus fréquente chez les indépendants, qui ont rarement quelqu'un pour prendre le relais.
Répondre à un devis, livrer un fichier ou publier pour son activité peut être analysé comme une reprise d'activité, avec suspension et remboursement des indemnités à la clé.
Si votre état permet de travailler un peu, la reprise partielle doit être prescrite avant, pas expliquée après.
Un encaissement reçu pendant l'arrêt fait-il perdre les indemnités ?
Pas par lui-même : ce qui compte est le travail effectué, pas la date à laquelle l'argent arrive sur le compte.
Une facture émise avant l'arrêt et réglée pendant se déclare normalement à l'échéance suivante, puisque le régime micro raisonne sur les sommes encaissées.
Mieux vaut signaler la situation à votre caisse que la laisser la découvrir.
Comment savoir à l'avance ce que je toucherais en cas d'arrêt ?
En partant de votre revenu moyen des dernières années, c'est-à-dire de votre chiffre d'affaires diminué de l'abattement de votre activité, puis en demandant la simulation à votre caisse plutôt qu'à un simulateur de blog.
Les conditions et les montants évoluent d'une année à l'autre, et votre compte ameli fait foi. Valeurs à jour au 5 septembre 2026.